تحدث مضاعفات من القنوات الصفراوية بعد زراعة الكبد في 10-20 ٪ من الحالات. وتشمل هذه القيود ، وتدفق الصفراء ، والناسور والتهاب الأقنية الصفراوية. قد تكون هناك قيود المفاغرة بسبب أخطاء فنية، وذلك بسبب انتهاء التهاب الصفراء وتليف وتضيق، غير مفاغرة، مفاغرة شكلت فوق البوابة في اتجاه الكبد تسبب في بعض القنوات حالات نقص التروية.