أهم دور في تطور مرض القرحة الهضمية ينتمي لفتح في نهاية القرن XX الكائنات الدقيقة هيليكوباكتر بيلوري (هيليكوباكتر البواب)، مما يقلل من خصائص وقائية من الغشاء المخاطي وزيادة العدوان من عصير المعدة. تم الكشف عن Helicobacter pylori في 90 ٪ من المرضى الذين يعانون من قرحة الاثني عشر وفي 85 ٪ من المرضى الذين يعانون من قرحة المعدة.