يمكن أن تكون ناسورات البلعوم الخلقية كاملة أو غير كاملة. تتميز الأولى بطابعها الواضح: فتحة خارجية على جلد السطح الأمامي أو الجانبي للرقبة، بينما تكون الثانية مسدودة: إما فتحة على الجلد فقط مع مسار ناسور ينتهي في أنسجة الرقبة، أو العكس، فتحة على جانب البلعوم فقط مع مسار ناسور مسدود أيضًا في أنسجة الرقبة.