العامل المسبب لالتهاب الدماغ الفيروسي الذي ينتقل عن طريق القراد ينتمي إلى جنس Flaviviruses. الفيريون له شكل كروي ، قطره 40-50 نانومتر ، يحتوي على الحمض النووي الريبي ، وينتج بشكل جيد في العديد من الثقافات الأنسجة. من حيوانات المختبر ، الفئران البيضاء ، الهامستر ، والقرود ، والقطن الفئران هي الأكثر عرضة للفيروس. عرضة لفيروس التهاب الدماغ الناجم عن القراد والعديد من الحيوانات الأليفة.