يُعدّ الكشف عن الأوليات وتمييزها (تمييز الأشكال الممرضة عن غير الممرضة) مهمةً معقدةً نوعًا ما. تُوجد معظم الكائنات وحيدة الخلية في البراز في شكلين: الخضري (مرحلة الطفيليات المغذية) - نشط، متحرك، حيوي، سريع التأثر بالعوامل الضارة (وخاصةً التبريد)، وبالتالي يموت بسرعة بعد إخراجه من الأمعاء، وفي شكل أكياس (أكياسات) مقاومة للتأثيرات الخارجية.
