يتطلب التهاب المثانة المتكرر لدى النساء علاجًا معقدًا، أي مزيجًا من العوامل المسببة والعوامل المرضية. وينبغي أن يهدف العلاج إلى القضاء على أسباب المرض.
ترتبط أسباب التهاب المثانة المتكرر لدى النساء بنسبة 95% بكائن حي دقيق واحد. العامل الممرض الأكثر شيوعًا هو البكتيريا المعوية سلبية الغرام، وهي الإشريكية القولونية.